Андрей Петрович Козлов в период с 1972 по 1975 год учился в аспирантуре Научно-исследовательского института онкологии им. Н.Н. Петрова, где успешно защитил кандидатскую диссертацию. В 1978 г. одним из первых в СССР получил грант от Международного агентства по изучению рака на стажировку в Национальном институте рака (США) в лаборатории первооткрывателя вируса СПИДа д-ра Роберта Галло, где работал в 1978-1979 гг. А.П. Козлов является создателем нескольких лабораторий и некоторых успешных исследовательских программ, в рамках которых начали разрабатываться отечественные вакцины против ВИЧ и проводиться когортные исследования среди наркозависимых и в других группах риска, связанные с зараженностью ВИЧ. Профессором А.П. Козловым опубликовано более 170 научных работ и 5 монографий. Индекс Хирша по Web of Science - 25, число цитирований - 1893, индекс Хирша по Scopus - 29, число цитирований – 2290, индекс Хирша в Research Gate – 30, число цитирований – 2538, RG Score 38.60, индекс Хирша в РИНЦ – 28, число цитирований – 2394. В течение нескольких лет А.П. Козлов являлся членом Консультативной Комиссии Комитета Науки и Образования Государственной Думы, а также авторитетного комитета Institute of Medicine, США по предотвращению ВИЧ в странах высокого риска. За исследования в области иммунологии и биотехнологии А.П. Козлов получил национальную российскую награду им. Чумакова, международную премию Пола Харриса, Звезду Вернадского 1-й степени за вклад в развитие науки и медаль им. Мечникова, и премию им. Н.И. Вавилова за теорию эволюционной роли опухолей.