Сфера научных интересов О.Б. Щукиной — гастроэнтерология, диетология, вопросы изучения синдрома хронической диареи в клинике внутренних болезней.

Эксперт Всероссийского общества по изучению воспалительных заболеваний кишечника, соавтор российских рекомендаций по диагностике и лечению Язвенного колита и болезни Крона. Член Европейской Организации по изучению болезни Крона и язвенного колита.
Инициатор создания первого в России городского центра ВЗК, в настоящее время - руководитель направления по воспалительным заболеваниям кишечника на базе Первого Санкт-Петербургского медицинского университета им. акад. И.П. Павлова.
Автор более 60 научных работ по теме ВЗК, постоянно реализующий результаты научной работы в лечебную и учебную практику.