Контроль соблюдения санитарных правил, гигиенических нормативов и выполнения санитарно-противоэпидемических мероприятий в аптечной организации является важным звеном в работе аптеки. Представители Роспотребнадзора при проверках контролируют, как аптечные организации выполняют требования, предъявляемые к помещениям, температурному режиму хранения товаров, обработке специальной одежды, гигиенической подготовке  персонала аптек, медицинским осмотрам, обращению с разными классами медицинских отходов.