В 1979 году поступила на лечебный факультет 1-го ЛМИ. В 1985 году поступила и в 1987 окончила клиническую ординатуру на кафедре нервных болезней, где и работает по настоящее время. В 2001 году защитила кандидатскую диссертацию на тему «Особенности течения ишемического инсульта на фоне сахарного диабета (клинико-экспериментальное исследование)» Последние 15 лет Екатерина Леонидовна уделяет огромное внимание подготовке молодых специалистов и учебно-методической работе, много лет являлась руководителем клинических ординаторов и интернов кафедры, а последние 8 лет – заведующая учебной частью кафедры. Имея высшую врачебную категорию, Е.Л.Пугачева более 10-ти лет является консультантом-неврологом клиники Факультетской терапии им. В.А.Алмазова.